Futbola 16 yaşında Kasımpaşa Genç Takımı’nda başladı. Aynı yıl Kasımpaşa A Takımın kadrosunda yer alarak uzun yıllar giyeceği milli forma ile tanıştı. 1966-67 sezonunda İstanbulspor’da oynadığı futbolla bütün otoritelerin dikkatini çekti. Eskişehirsporlu yöneticiler elini çabuk tutarak 1967-68 sezonundan itibaren ona Eskişehirspor formasını giydirdi. Gerek Eskişehirspor’daki, gerekse milli takımdaki yüksek performansı onu Bundes Liga’ya Alman 1. Ligi’ne taşıdı. Anadolu kulübünden bir Alman ekibine transfer olan ilk Türk futbolcusu olarak 1971 -73 yılları arasında 2 yıl Eintracht Frankfurt Kulübü’nde oynadı. 1973-74 sezonundan itibaren yurda dönerek Fenerbahçe formasını giydi. 1977 yılında tekrar Eskişehirspor’a transfer olarak futbolu bıraktığı 1983 yılına kadar Siyah-Kırmızılı takının efsaneleri arasında yer aldı. Dönemin en önemli hücum oyuncuları arasında yer alan Ender Konca Eskişehirspor kariyerinde 1 Türkiye Kupası, 1 Cumhurbaşkanlığı, Fenerbahçe kariyerinde ise 2 Süper Lig ve 2 Türkiye Kupası kazandı. 12 Genç, 8 Amatör, 8 Ümit ve 15 kez A Milli Takım olmak üzere toplam 43 kez milli olan Ender Konca, gerek futboluyla, gerek karakteriyle adını Türk Futbolunun ölümsüzleri arasına yazdırdı.